A história da educação no Japão remota ao século VI, quando o método de aprendizagem chinês foi introduzido na corte imperial juntamente com o seu sistema de escrita e a sua tradição literária.
Foram abertas várias escolas na capital imperial Heian-kyo, sendo a educação apenas voltada para os aristocratas nesta época.
Nos finais do século XVI, inícios do século XVII o Japão esteve em contacto com vários povos Europeus. Os Missionários jesuítas, que acompanhavam os mercenários portugueses, pregaram o cristianismo e abriram numerosas escolas religiosas. Os estudantes japoneses começaram a estudar latim e música ocidental juntamente com a sua própria língua.
Por volta de 1603, período Edo, o Japão foi reunificado pelo regime Tokugawa (1600-1877). Perto de 1640 os estrangeiros foram ordenados a sair do Japão, o cristianismo foi banido e o contacto com culturas estrangeiras foi "proibido". A nação japonesa entrou então num período de isolamento e tranquilidade que durou pelo menos 200 anos. A educação no regime Tokugawa deixou para trás um valioso legado: um aumento da taxa de alfabetismo, uma ideologia meritocrática com ênfase na disciplina e na competência pessoal.
Só no período Meiji, depois de 1868, uma nova liderança impulsionou o Japão a rumar para a modernização.
Durante este período foram criados várias missões com o intuito de aprender os sistemas de educação usados pelos povos ocidentais. Graças a estas missões um novo sistema de educação foi criado no Japão, as escolas foram divididas em: primárias, secundárias e universidades.